FlowJo の絵を、Illustrator で、ほどほどのベクトルアートとして扱う方法

FlowJo 側のバージョンにより、多少の差異があるかもしれません。
しかしながら、恐らく、PDF として印刷して、

オブジェクト -> クリッピングマスクー> 解除

これで、多くの人が幸せになれるはずです。

数字は、フォントとして扱えるはずです。
ただし、軸の目盛線まで、バラバラになるので、適度に再グループ化をお薦めします。