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RのTukeyHSDは、本来はnが等しくないといけないのですが、nが異なるときは、Tukey-Kramer法の拡張が当てられている様です。私の乏しい言語力と数学力ではよくわかりませんが、結果はTukeyHSDでもTukey-Kramerでも同じになるので、きっと、拡張されています。 http://oshiete1.goo.ne.jp/qa1826220.html の教えて!goo内での解答によると、 Tukeyの多重比較（多重検定）は当初Tukeyがバランスケース、即ち各群のサンプル数が等しい場合に適用するものとして1952-53年の論文で提唱しました。その後Tukey本人と、Kramerが独立にアンバランスケースへの拡張を示しました。しかし当時はこの拡張が検定全体の有意水準を保っているかどうかが厳密に証明されていなかったので、バランスケースとアンバランスケースを分けて、前者をTukeyの方法、後者をTukey-Kramerの方法と区別していたようです。1984年になってHayterがTukey-Kramerの方法でも検定全体の有意水準がコントロールされていることを証明したため、現在では両者を特に区別せずに共にTukeyの多重比較と呼ぶことが多いと思います（Kramerさん可愛そうに…）。多くの統計パッケージではTukeyの多重比較でアンバランスケースも処理できると思いますが、正確に言えばその場合Tukey-Kramerの拡張が用いられているのだと思います。 とても勉強になりました。 どうでも良いことかもしれませんが、RでのTukeyHSDは大文字でないと、働いてくれないみたいです。ボーッとしていると、綴りを間違えたかとすぐ不安になる、物忘れの増えてきた今日この頃です。

RでANOVAは、summary(lm(y~x)) でも、summary(aov(y~x))でも、多少の表記は異なれども、p値だけ見るならどちらでもいいかと思っていました。どうせ、TukeyHSDなどをかけるので、見るところは1点、p値というに近い状態でした。 しかしながら、いわゆるところの分散分析表というやつがつくのは、aov(y~x)を使ったときだと、本日、いえ昨日初めて理解した次第です。分散分析表が思ったよりも奥深いというのも、昨日、改めて感心した次第です。aov つまり analysis of variance というのは、伊達ではなかったかと、とっても感心しています。 ANOVAとlmつまり、一般線型モデルの関連については、今後、もう少し時間をかけて勉強する予定です。きっと、lmで出てくる、対照群との比較でのt値とp値なども、もう少し勉強したらわかるのでしょう。

敬愛なるAdobe indesign CS3 ですが、最近、ヒラギノフォントが見つからないと、のたまわられることがあります。表示はちゃんヒラギノようなので、きっと、大丈夫なのですが、ちょっと、寂しい今日この頃です。 明朝体については、小塚明朝は全体的に細くて鋭い感じがするので、ヒラギノ明朝を使う場面の方が最近は多くあります。また、小塚ゴシックは標準からたくさんのウエイト(細さ)がそろっているので、小さな文字を組むときなど便利ですが、ちょっと、ポップな印象があり、使いたくない場面もあります。かといって、ヒラギノ角ゴは、ちょっと硬い印象を受けるときがありますが、おかたい文章に硬いフォントも悪くないでしょう。などと、楽しくやっています。 なお、ヒラギノの他のウエイトや、リュウミンなどのを別に買う予定は今のところありません。

統計ソフトRは、インターネット上の記載を見ている限り、日本語対応らしいです。 ところが、Excelで編集した日本語を含むファイルを、read.tableで読んでいただくと、どうもうまくいきません。 このあたりが、MacOS Xの文字に弱いところというか、文字のエンコーディングなどという問題を、使用者に意識させるところなのでしょうか?  実に、このあたりに弱い私目は、Excel上で、日本語の方を英語にする作業をしてしまいます。たとえ、500くらいのnがあっても、Rにのせて統計をかけるときは、群の名前などの数カテゴリー程度の部分が日本語になるだけ、と、開き直る今日この頃です。どうせ、たくさんのカテゴリーを作っても、パワーが落ちるだけと、開き直る今日この頃です。ExcelのオートフィルターとIF関数、置換機能を駆使して日本語を置き換えです。 余談ですが、使い慣れたからか、OS10.5 になったためかわかりませんが、クリップボードを通して他のアプリケーションにペーストすると文字化けするという悩みは最近は少なくなりました。Windowsでは、文字化けの頻度は少ないだけではなく、文字の書式まで、かなりの頻度でペーストします。また、Windowsだけ使っていたころは、改行コードなんて問題も考えることは少なかったですね。

摂氏の単位を表す文字のお話です。 LaTeX等を含め、多分、欧米の習わしでは、"º" という文字と "C" という文字を組み合わせて表記するのが一般的だと思います。 MacOS X では、alt + "0 (ゼロ)キー" で、"º" が入力できます。 覚えておくと、ちょっと便利です。 なお、日本語に親しんだ人では、1文字で "℃" と打ってしまいそうですが、これは、Times や garamond, calson などの代表的な英数字フォントでは、文字化けしてしまう可能性があります。 参考までに、この記事の記載時には、 STUDIO 4℃ のホームページでは、日本語サイトの表記はは、全角の「℃」、英語サイトの表記は "º"+"C" になっているように思います。 なお、ジュエリー・婦人服・雑貨の製造を行っている4℃のホームページは、全角の「℃」を使っているように思います。

英語の書体は、たくさんあって、ある程度、種類の限られる日本語のフォントよりも理解が難しいと感じています。 Sans-serif という書体、つまり日本語フォントだとゴシックに相当する英語の書体についてのお話を今日はします。 Sans-serif の代表格といえば、Helvetica という書体だと思います。Arial も非常に近いフォントだと私は理解しています。これらの書体は、私には、ちょっと、太すぎるのです。Helvetica より、ちょっとだけ線が細くて、condense のような幅の狭い文字までカバーするフォントですと、Helvetica neue というフォントがあります。特に、日本語と混ぜて本文に使う場合には、Helvetica だと重く感じることが無いとはいえません。 Myriad pro というAdobe のフォントもありますが、こちらも線は太めです。Myriad pro も Helvetica neue と同様に多様な太さや傾きの文字が選べます。 現在のところ、Sans-serifについては、気分で Myriad pro と Helvetica neue を使い分ければいいかと、考えています。 ところが、この Helvetica neue 、Indesign や マイクロソフトのワードなどで表示すると、"r" が小さく見えるのです。はじめワードできがついたのですが、Indesignでも同様の表示でした。なお、textedit.app では、"r" は他のフォントと違和感を感じない大きさです。 最近になって、モニター上の問題だけで、印刷すれば問題ないことが多いということが、わかりました。しかし、打ち出さないと全体の印象がわからないというのは、ちょっと、寂しい今日この頃です。 印刷しない文章と、表組み、図の説明以外は、serif や、日本語フォントの英字を使う方がいいのかな?  などと、ちょっと、軟弱な今日この頃です。合成フォントを作るのも、一手間かかりますし... 欧文の組み版では、ずいぶん小さな文字も Serif の書体を使ってあります。文字の形と種類が単純なだけに、奥深く、気長に勉強する必要がありそうです。 もっとも、フォントの心配をする前に、内容の心配をするようにという声が聞こえてきそうですが...

なんとなく、MacBookで、 システム環境設定のキーボード、 修飾キーの設定を変えてみました。 caps lock キーを control キーに変えてみました。 すると、ランプがつかなくなり、 control キーとして機能しています。 control lock の様な挙動、 つまり、1回押したらcontrol 押しっぱなし状態になり、 2回押したら解除されるような挙動をしそうで、 ずっと、しなかったのですが、 やってみるものですね。 ランプもつかなくなったのには、 ちょっと、驚きました。 もし、Macを買い換えるなら、 次は、英語キーボードにしようかと 思っていましたが、 このcaps lock の入れ替えをしてから、 ちょっと、迷いが生じてきました。 日本語とアルファベットが激しく入り交じる場合に、 かなキーと英数キーが独立してあるのは、 これはこれで、とっても便利です。 MacOSでは、Windowsの初期設定と異なり、 かなキーは何度押してもかな変換、 英数キーは何回押しても英数直接入力になります。 現在、全角だったか英数だったかがわからなくなっても、 かなキーまたは、英数キーを念のためもう1回押して、 入力すれば意図した入力モードで入力できます。 Emacs + Viper では、全角と半角英数を、 ある程度、自動で入力しやすいように変えてくれます。 ただ、自動で変わる分、自分の記憶とずれることもあり、 念のため、かなキーを押してから書き始めたり、 英数キーを押してから、コマンドを入力するなど、 私としては、最近、使用頻度が高くなっていました。

マウスの移動速度を速くするターミナルからの設定方法です。 defaults write "Apple Global Domain" com.apple.mouse.scaling 2.0 ログオンしなおすと、有効になります。 デフォルトは1.7だそうです。 上記は、2.0に設定した例です。 参考までに、1,000円のマウスで、 2.0でOS側は、最速設定だと結構早いです。 5.0位まではいけるそうですが、 私は2.0位で十分そうです。

Universal R 2.8.1 for Mac OS X released on 2008/12/22 アップデートに今日、気がつき、 先ほどアップデート終了しました。 貧乏人の味方です。 これと、Excelがあれば、 私の必要とするだいたいの統計解析ができます。 根性は必要ですが...

MacOS X 10.5 をインストールして、 初めて立ち上げた段階で、Time Machine のデータを、 移行した時に、戻らないものがいくつかあります。 ほとんどは、無意識に再設定しているのか気づきませんが、 プリンターのドライバーと設定が、 ごそっと丸ごと抜けてしまいます。 私の場合は、Canonのレーザープリンターと インクジェットプリンターの両方とも、 ドライバーから再インストールになりました。 参考までに、Adobe PDF8.0 は、元通りでした。 時間がないときに、印刷しようとすると、 パニックに陥りますので、 今後、可能性のある方は知っていた方が、 良いかもしれません。

通常変更できないちょっとした設定をターミナルから変更する50のTips にある設定の中から、実際に変更したものを2つ書きます。 ログインの背景画像を変更する。 defaults write /Library/Preferences/com.apple.loginwindow DesktopPicture "ファイルのパス" ファインダーのウインドウタイトルにパスを表示する設定。 defaults write com.apple.finder _FXShowPosixPathInTitle -bool YES 基本的には、ターミナルへコピーして貼り付けて、リターンキーを押すだけで設定されます。 なお、ファイルのパスは、ファインダーからターミナルへドラッグ アンド ドロップで自動作成されます。 はじめは、やってみたのですが、 あまりに見にくくなるのでやめてしまった設定ですが1つです。 ファインダーに".emacs"などの通常見えないファイルを表示させる。 defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles TRUE

ターミナルの表示を, 「現在のフォルダー/時間/$」 にする.profileの設定。 PS1="\w/\A/\$ " ~/08:12/$ という感じの表示になります。 文字化けと間違えたので、メモ代わりに記載します。

以前コピーした内容を、ペースとしたいときのお話です。 emacs では、control-y に続いて、M-y を続けて押すと、 ドンドン以前のコピー内容が出てきます。 vi では、”2p などと入力すると良いようです。 ”はダブルクオーテーションです。 通常の日本語キーボードだとシフトを押しながら2のキーで 入力できると思います。 1-9までの過去9回分の情報が保存されているようです。 本来のvi だと、数字の部分を変えなくても、 u と . を何度も押すと過去にさかのぼれるようです。 私の現在の状態の carbon emacs + viper-mode では、 u と . でのさかのぼりは、できていないような気がします。 どうしてもさかのぼる必要があれば、 emacsの方の機能を使えばという、 逃げ道は、あります。 vi ではこの他に、アルファベットのキーに、 コピーの内容を入れておくことができるそうです。 ”ayy などとすると、aに1行分の内容がコピーされます。 ペーストは、 ”ap とするとokです。 私の現在の状態の carbon emacs + viper-mode では、 こちらのアルファベットは、意図したとおりに動きます。 いつまで見ることができるかはわかりませんが、 googleの書籍のプレビューの56ページから詳しい記載があります。 ちなみに、この書籍の方を見ながら、書いている次第です。 Lamb, L. and Robbins, A. 福崎俊博 訳「入門vi」O'Reilly のプレビュー

BibDeskという、PDFファイルなどを管理する MacOS X 用のソフトの紹介です。 さっき、テンプレートで苦労したので、 紹介だけ書きます。 機会があれば、テンプレート等についても 記載するかもしれません。 さて、BibDesk ですが、 http://bibdesk.sourceforge.net/ にあるので、普通にインストールすると使えます。 本来は、TeX用の文献管理ソフトです。 著者名やリンク等の情報は、 TeXの引用を考えた形で保存されます。 このソフトは、TeXを書かない人でも、 PubMed を使うなら、すばらしい貢献をします。 PubMed ID をPDFファイルなどの名前にして、 ドラッグ アンド ドロップで BibDesk のメインウインドウに、 つっこみます。 すると、著者名、タイトル、要約等々、もろもろの情報が、 自動的に PubMed からダウンロードされます。 名前の付け方は、PubMed IDが「123456」なら、 「123456.pdf」などと付けます。 ファイルの位置をずらすと、リンクが切れてしまいますので、 2度と動かさないつもりの場所に保存してから、 ドラッグ アンド ドロップ するようにしてください。 一端、登録すると、登録データから検索ができるようになります。 また、グループを作って管理したりするなど、結構、重宝します。 現在、私の文献数は700を超えてしまいましたが、 破綻するような動きはありません。 (全部読んだ文献は恐らく1/10以下です (笑) ) データを、引用文献の形式でコピーしたりするには、 テンプレートを設定し直すと良いのですが、 これは、少々、骨が折れるので、自身のある人だけ挑戦しましょう。 日本語の使用は、少々、難があるようです。 私は上記のような、PubMed ID での使用しかしていませんので、 少なくとも、BibDesk上では、英語以外の言語は試していません。 また、リファレンスも現在のところ、英語が中心です。 さらに、サブウインドウの表示の設定のためには、 文献情報のタグの使い方と、リッチテキストやHTMLの知識が わずかでも無いと、カスタマイズは困難です。 なければ、付属のテンプレートエディターを、 眺めて、気長に演繹法と帰納法を行うのが常道だと思います。 私なりに現在動いている設定...

現在の私の .emacs 中の viper-mode に対する設定。 レベルは3で、 http://www29.atwiki.jp/sicpstudygroup/pages/45.html からいただいた設定をまるまる貼り付けています。 この設定の出典は、 http://ho-ki-boshi.blogspot.com/2007/11/viper.html のようです。 5行目の (define-key viper-insert-global-user-map "\C-c" 'viper-exit-insert-state) は、出典元にはなく、control-c に ESPキーと同様の機能を与えています。 これは、ちょっと便利です。 なお、出典元のnorさんの記載によると、これら設定を行わないと、 gg でバッファの一番上にカーソルが移動しない * で検索が開始できない C-], C-t でタグジャンプできない C-o で前のカーソル位置に戻れない backspace で改行が削除できない C-wC-w でウィンドウが移動できない uの連続でundo連続にならない %%% が定義されていて%の対応括弧への移動が遅い なのだそうです。 たぶん、私に関係あるのは、gg と backspase, uの3つだけです。 以上は、レベル3でのお話の様ですので、 レベルを1に近づければ、回避されるのかもしれません。 さらに、下記の2行を加えて、 (define-key viper-insert-global-user-map "\C-h" 'backward-delete-char-untabify) (define-key viper-insert-global-user-map "\C-d" 'delete-char) control-h が back space と同じに control-d が delete と同じに働くようにしています。 control-h は、上記の設定が無くても  back space で働きますが、上記を加えて、 改行が消せるようにしています。 windows で xyzzy を使っていたのと、 同じ挙動をするようにしています。 上記2行については、付け加えをしな...

emacsと双璧をなすといわれる、vi /vim エディターについてです。 emacs は、すばらしいソフトです。 安定性や拡張性の高さは、すばらしいですし、 文字化け率の低さや windows、MacOS といったOSによって異なる 改行コードの解釈など、文字を読んで入力するための基礎体力をみても 賞賛に値します。 Carbon Emacs について欠点をいえば、起動が遅いことと、 GUIでのカスタマイズが難しいことでしょうか? Windowsでの xyzzy と比較すると、 印刷のサポートもGUIで欲しくなってしまいますが、 これは、エディターの本業ではないと思っています。 さて、Emacsと双璧をなすといわれる vi/ vim エディターについてです。 vi/ vim とはなにかについては、Wikipedia を みていただく方がわかると思います。 今回は、あくまで個人的な vi/ vim へのあこがれを書きます。 MacVim というソフトが、MacOS X 10.4以降を使用している 初心者には、最も、敷居の低い vi/ vim だと思います。 あえて、インストールしなくても、 MacOS X 10.5 では、ターミナルを立ち上げて、 vi と、入力しても vim が立ち上がります。 ターミナルを立ち上げてすぐに、 vi .emacs と入力すれば、.emacs の編集ができるはずです。 vim のすごいところは、何も知らないと、 文字の入力すらできないことです。 emacs のつもりで、control-f などと押すと、 画面が1画面スクロールします。 カーソルの移動は、h, j, k, l 等のキーで行い、 文字を入力したり、変更するのに、 i, a, o 等の入力が必要であるという、 なんとも、windowsやMacOSの「常識」の通用しにくいエディターです。 ところが、見方を変えると、control キーを押さなくても、 カーソルの移動等の操作ができるわけです。 MacBook の日本語キーボードは、control キーは、 左シフトの上に、ひとつだけです。 これでは、あまりに Windows と異なりすぎることもあり、 私は、OSレベルで、control キーと option キーを入れ替えています。 この設定は、コントロールパネル >キ...

黒地に白文字の環境をOSレベルで標準表示にしてしまう、 MacOSのユニバーサル アクセスの機能の一つである (コマンド(アップル)+オプション+コントロール)+8 についてです。 白地に黒文字の表示は、長くみていると疲れることがあります。 そんなときは、MacOS のユニバーサルアクセスの出番です。 コマンド-オプション-コントロール の3つのキーを左手で押さえ、 数字の8をというキーを押してみましょう。 白黒が反転し、白地に黒文字の画面になり 写真は、いわゆるネガのような画面になったと思います。 ならなかった人は、システム設定のユニバーサルアクセスで表示を 「黒字に白」で設定し、有効にしておいて下さい。 写真のネガのような画面がいやなら、グレースケールを使用しましょう。 ただ、グレースケールを使用した場合は、 テキストエディターで、キーワードに色をつける機能が、 当然ながら使えなくなりますので、要注意です。 もう一回、コマンド-オプション-コントロール +8 を押すと 元に戻ります。 ソフト毎に、一生懸命設定をしなくても、 これだけで、黒地に白になります。 切り替えも一瞬なので、文字中心かつ写真や図が入らない場合は、 word, excel といったソフトでも、黒地に白で入力が良いときに 活用できます。 さらに、インターネット ブラウザーまでも、 黒地に白が基本になります。

MacOS X 10.5 附属の Time Machine のお話です。 実は、2008年12月に、愛用の MacBook のハードディスクが壊れました。 スイッチを入れても、リンゴのマークすらでないのは、 ビックリしました。 近くのお店に持って行って、ハードディスクの交換となったわけです。 幸いな事に、Time Machine では、壊れる1週間前に、 バックアップが取ってありました。 ハードディスクを入れ替えた後は、OSが入っていなかったので、 DVDを入れて、Cボタンを 押しながら起動し、MacOS 10.5 をインストールしました。 インストール後に、再起動して、いくつか入力事項を入れていくと、 どこかに、以前のデータがあるかどうか尋ねる画面が出てきました。 データを保存してあるハードディスクをつなぎ、 Time Machine を選択しました。 これだけで、データの復帰が、ほぼ以前の通りになっただけでも、 評価して良いかと思いますが、Adobe Creative Suite や、 マイクロソフト社の Office 等の後からインストールしたソフトまで、 ほとんど、バックアップ時の状態に復元できていました。 おまけと思っていた Time Machine ですが、 見事な働きぶりでありました。 皆さんも、バックアップは、こまめに取りましょう。

Carbon Emacs でのフォントの設定は、 http://macemacsjp.sourceforge.jp/matsuan/FontSettingJp.html に、書いてあるようにするだけです。 だけなのですが、初心者には、この「だけ」が意外と難しい。 壊して、動かなくなったら、それこそ、一大事ですから (笑)。 つい最近まで、実は、パスの通ったフォルダーの見方がわからず、 様々な、拡張をあきらめていた次第です。 パスの通ったフォルダーは、 Emacs.app/Contents/Resources/site-lisp/mac  と、書いてあるのですが、普通はFinderではこのフォルダーは見えません。 Finderの右クリックから、emacs.appの中に入れることがわかり、 やっと、他人の書いてくださったLISPを使って、 カスタマイズをする気になりました。 基本的に、ターミナルは苦手なんです (笑)。 なぜ、根性出して、フォントの設定が必要かというと、 Carbon Emacs を MacBook で使った場合、 私には、12ポイントは小さすぎるので、 もっと、大きなフォントを設定する必要があるからです。 いままで、フォントの設定は、 上記のサイトの 「5. 簡単な例」を .emacs に丸ごと貼り付けるだけしていました。 なお、fixed-width-fontset パッケージは 使用していませんでした。 このやり方だと、フォントが太めに表示されてしまい、 あまり、美しくないのです。 そこで、textedit を使ってしまうことも多々ありました。 (textedit でもemacs様のキーバインドでカーソル移動と cont-k, cont-yなどの使用が可能ですので。 あまり、長いものや推敲を繰り返さなければ、textedit も、 立派な選択枝となってしまいます。 ただし、エンコーディングの自動判別に、かなりの難があり、 事実上は、設定したものひとつとなってしまいます。) 転帰のひとつは、日本語フォントとして、 ヒラギノ角ゴ w3 を使うことを決めたことにあります。 今までは、せっかく買った Adobe Creative Suite についてきた、 小塚ゴシックを使おうとしていたのですが、 ヒラギノ角ゴの方が癖が無いので、 最近は、ヒラギノ角ゴの方...

workflow で述べたように、Emacsの使用目的が、 日本語の文章や原稿を書くことです。 文章を書いていて、文字数や英語の単語数を 数えなければならない必要が生じることがあります。 http://blog.lilyx.net/2007/10/02/emacs-word-count-mode/ で紹介されているように、word-count-mode を導入したら、 これは、便利です。 本来のページは、 http://taiyaki.org/elisp/word-count/ ですが、肝心のword-count.el へのリンクが壊れています。 http://taiyaki.org/elisp/word-count/src/ で、開いて、"word-count.el" で、 パスの通っているフォルダーに保存し、 .emacs に設定を追加します。 なお、壊れたリンクには、"www"が余計についています。 なお、パスの通っているフォルダーには、 ファインダー Finderでみた場合は、 MacOS X 10.5 + Carbon Emacs 環境では、 プログラムフォルダーを開いて、 Emacs.app を右クリック(第２ボタン)して、 「パッケージの内容を表示」します。 このあと、 Contents/Resource/lisp というフォルダーを使っています。 どうも、cdコマンドでのフォルダー移動や、 mvといったコマンドは、苦手なので、 このあたりの操作は、いつもGUIのFinderでで行います。 なお、.emacs の設定は、フォルダー名を変更し、 (setq load-path (cons (expand-file-name "~/lisp") load-path)) (autoload 'word-count-mode "word-count" "Minor mode to count words." t nil) (global-set-key "\M-+" 'word-count-mode) としています。 上記ようにフォルダーが、elispではなく、lispであるため、 この部分だけ変更をしていま...

まずMacOSで良く行う作業と、 よく使うソフトについて、お話しておく方が、 後の投稿内容をご理解いただくのに良いと思います。 最も良く行うのは、日本語で少し長めの文章を、 入力することです。この作業は、主にテキストエディターを使います。 文章を印刷する場合や図表が伴う場合は、Adobe indesign で整形します。 また、長めの文章で、理論的な構造や引用を持つ場合は、LaTeX を使います。 また、表計算の際は、マイクロソフト社のExcel を使用です。 なお、よく使う、エディターは、MacOS X 附属のTextedit.appと Carbon Emacs です。 Vimを使おうとしましたが、私の設定が悪いのでしょうが、 3,000字くらいの日本語テキストファイルが、どうもうまく開かず、 長い文章には向かないみたいなので、Emacs で Viper-mode を、 試しています。 なお、日本語編集では恐らく最も一般的であろうword を使わずに、 テキストエディターとindesign を使う理由は、 なんといっても、軽いことです。 どうしても、MacOS版の word は重く感じます。 また、軽いのに、細かいところに手の届く indesign を1回使うと、 ちょっと、やみつきになります。 ちなみに、LISPを含めプログラムはほとんどわからないので、 Emacsの設定は、インターネット上の情報を頼りに、 なんとかやっています。 きっと、わかる人からみたら、無駄な設定もあることでしょう (笑)。 まあ、現在、動いているから良しとしています。